一种制备磷酸二甲啡烷晶型II的方法，该方法是：将磷酸二甲啡烷粗品加入到甲醇中，加热回流使其溶解，然后降温，析出结晶，过滤干燥所得的固体即为磷酸二甲啡烷晶型II；所述磷酸二甲啡烷晶型II，它以下列的X衍射仪图表征，并以晶面间距d、布拉格角2θ、表示相对于最强线的百分比的相对强度进行表达的X-射线粉末衍射图：本发明还提供了包含作为活性成分的磷酸二甲啡烷晶型II以及一种或多种合适的辅料的药用组合物，例如片剂、胶囊、颗粒剂、口服液、糖浆液、混悬剂和注射剂；它具有良好的药学价值，能获得纯度优良、具有很确定晶型且重现性极好等特点，所述磷酸二甲啡烷晶型II在制剂方面呈现出有价值的生理活性，且可长时间储存并保持稳定。