本发明公开了一种PKEK融合蛋白及制备方法与应用。该PKEK融合蛋白的结构式如下:(PKEK‑B)n;B为柔性连接肽;n为1~30的整数。将该融合蛋白以包涵体蛋白的形式表达,同时通过将若干美白多肽PKEK与柔性连接肽依次串联构成融合蛋白,能够有效减少酶切过程中产生的错切杂质,进而高效获得高纯度美白多肽PKEK,且纯度可达95.4%;另外,利用本发明所述基因工程技术生产美白多肽PEKE的制备方法,在12h内即可大量获得PKEK融合蛋白包涵体,且表达量最高可达45g/L,工艺简单高效且易于放大,有利于工业化生产。