一种用于高核酸酿酒酵母选育的高通量筛选体系，是由报告质粒YEp‑HygB‑yeGFP和含有YEp‑HygB‑yeGFP的宿主细胞构成；报告质粒YEp‑HygB‑yeGFP为环状，从5’到3’依次由YEplac195质粒骨架、酵母增强型绿色荧光蛋白基因yeGFP表达盒、潮霉素B抗性基因表达盒组成；宿主细胞的出发菌株是经筛选确认核酸含量高于正常值的酿酒酵母工业菌株。本发明还公开了筛选体系在高核酸酵母工程菌选育中的应用。该筛选体系可弥补传统的高核酸酵母育种无法直接反映RNA含量的缺陷，并可借助其在酵母中的不稳定性，通过连续传代即可轻易消除，对高核酸酵母在食品行业中的应用具有重要意义。