本实用新型涉及一种菌种干燥烘箱，属于菌种干燥技术领域。其包括卧式矩形箱体，箱体的两端设有箱体门，箱体内两侧底部沿长度方向设有曲盘小车轨道，箱体内沿长度方向分成若干个分区，每个分区分别设有换热器、进风机、进风口及排风口，换热器安装在所述矩形箱体内一侧，进风口及排风口设于所述矩形箱体的上方，所述进风口上设有过滤器。所述箱体内设有隧道式烘干通道，多个所述曲盘小车依次按所述分区对应放置在所述烘干通道内，所述烘干通道的两侧壁上分别设有调风板。本实用新型结构简单，操作方便，利用热风循环对菌种进行干燥，不但降低现阶段菌种干燥过程中能耗，提高菌种培养设备利用率，而且保证菌种产品含水量的稳定。