本发明公开了IEEE1588透明时钟的频率同步方法以及同步报文的存储转发方式，其中频率同步方法包括步骤：(1)主时钟周期性的发送Sync报文，透明时钟被动的接收并转发Sync报文；(2)透明时钟记录Sync报文到达透明时钟的接收时间戳，以及Sync报文离开主时钟的发送时间戳；(3)透明时钟同样记录下一个Sync报文的发送时间戳和接收时间戳；(4)分别获取主时钟与透明时钟上经过一个Sync报文发送间隔的时间；(5)通过时间比值，获得主时钟与透明时钟之间时钟晶振频率的比值；(6)利用时钟晶振频率的比值修正驻留时间。该方法能够提高透明时钟计算驻留时间的精度。同时，在频率同步的前提下，同步报文的转发采用存储转发方式，严格保证Sync报文与FollowUp报文的顺序转发。