本发明实施例提供了一种操作文件系统子目录的方法、装置、电子设备及存储介质，该方法包括：基于获取到的待操作子目录在文件系统中的第一路径信息，对客户端设备的通信协议中的预设字段进行修改，在获取到对待操作子目录中的目标文件进行操作的操作指令和目标文件在待操作子目录中的第二路径信息时，获取修改后的预设字段；将修改后的预设字段和第二路径信息发送至服务端设备，服务端设备基于修改后的预设字段和第二路径信息，按照操作指令对目标文件进行操作。本发明实施例，只对客户端设备的应用程序接口进行修改，便可以实现对服务端设备中任一级子目录中的文件进行操作，无需对服务端设备的应用程序接口进行修改。减少了工作人员的工作量。