本发明涉及一种基于深度学习的胃镜活检病理数据筛查系统，其特征在于，包括：图像预处理模块；训练数据集生成模块；由重建网络和鉴别网络组成的条件生成对抗网络CGAN；阈值判断模块，基于条件生成对抗网络CGAN输出的得分值进行胃镜数字病理图像所对应切块样本的阴性、阳性判断，判断时将切块样本的分类信息进行聚类处理，从而完成胃镜数字病理图像的阴性和阳性判断。本发明的另一个技术方案是提供了一种基于深度学习的胃镜活检病理数据筛查方法。本发明的基于深度学习的胃镜病理数据筛查系统和方法能够为病理医生提供病理数据的筛查信息，对于提高胃镜病理数据的筛查效率具有重要意义。