本发明提供一种互补型太阳能控制器跟踪主用直流电源输出电压的方法，其以周期性或非周期性降低太阳能控制器的输出电流或电压，待监测到输出电压小于预设的太阳能控制器的输出电压的下限阈值或输出电流等于0A时，即中止太阳能控制器的输出，此时，再测量主用直流电源的输出电压，并判断所测量的输出电压在1秒内的波动是否小于0.1V，若是，则记录所测量的输出电压为跟踪主用直流电源输出电压的跟踪电压，如此，则便于根据跟踪电压调整太阳能控制器的输出电压，使太阳能控制器尽可能多的输出电能，达到节能减耗的效果，而且，本发明不需新增器件，成本低。