本发明提供一种三色套色印刷机的控制套色方法，包括触发触摸屏的启动按钮，生成并发出启动信号；获取启动信号并根据启动信号通过输送带伺服驱动器、第一伺服驱动器、第二伺服驱动器与第三伺服驱动器分别启动所述输送带、所述第一套色辊、第二套色辊与第三套色辊；取出完成套色的对色样板，测量偏差量；进入触摸屏的对色界面，分别输入两个偏差量后触发校正按钮，生成并发出校正信号；获取校正信号根据校正信号通过第一伺服驱动器、第二伺服驱动器与第三伺服驱动器分别校正第一套色辊、第二套色辊与第三套色辊的原点的位置；触发启动按钮，印板依次经过第一套色辊、第二套色辊与第三套色辊完成套色。本发明避免了套色变形以及重叠虚影的发生。