本发明提供一种用于控制多轴设备的轴运行的方法及系统。根据本发明的方法，先获取当多轴设备正常工作时，由第一实际轴带动的部件与由第二实际轴带动的部件之间的位置关系信息，并基于所述多轴设备正常工作时的第一实际轴的运行信息来构建第一虚拟轴的运行信息；随后基于第一虚拟轴的运行信息及所获取的位置关系信息来构建第二虚拟轴的运行信息；接着，启动所构建的第一虚拟轴及第二虚拟轴运行，并将第二虚拟轴的当前运行信息输出至电子凸轮，由电子凸轮控制第二实际轴，使第二实际轴相对于第一实际轴同步运行，由此实现对多轴设备的轴控制，尤其是控制丝网印刷设备，使得丝网印刷设备可实现平面、圆、椭圆、多边形等多种丝印。