本实用新型公开了一种微生物发酵设备的进水消毒装置及微生物发酵设备，属于微生物处理技术领域，其技术方案要点包括箱体，所述箱体的左侧插接有入水管，所述入水管贯穿箱体并延伸至箱体的内部，所述箱体的内顶壁固定连接有上挡板，所述箱体的内底壁固定连接有数量为两个的下挡板，所述箱体的顶部插接有数量为两个的滤板，所述滤板贯穿箱体并延伸至箱体的内部，所述箱体的内顶壁设置有均匀分布的紫外线消毒灯，所述箱体的右侧连通有出水管，本实用新型通过设置下挡板，水只能够在下挡板上移动，减缓水的移动速度，增加水与紫外线消毒灯发射的紫外线的接触时间，通过设置滤板，滤板呈网状结构，能够将需要消毒的水中的杂质过滤掉。