本发明公开了一种增强免疫力新会陈皮酵素饮料的制备方法，所述制备方法包括如下步骤：1)将国家地理标志保护产品新会陈皮和新会柑全果(包括果皮、果肉、囊衣、柑籽)利用破碎系统中进行破碎；2)将经过破碎的原料采用天然发酵与现代发酵工艺结合的方法进行发酵；3)发酵完成后进行固液分离，然后送往调配均质系统中分别进行低高压均质；4)均质完成后进行灭菌和灌装。本发明通过采用双向发酵、固液分离、调配、低高压均质、灭菌、中高温灌装的工艺，充分破解行业食品安全无保证的难题，最大限度保留了新会陈皮、新会柑中高含量的总黄酮、粗多糖、益生元、益生菌活性因子及新会柑代谢物。