本发明涉及一种具有调节肠道菌群功能的灰树花多糖及其制备方法和应用。该制备方法包括碱提、微滤处理、超滤处理和干燥等步骤。本发明的制备方法直接对灰树花子实体进行碱提，并利用微滤、超滤、干燥等操作得到灰树花多糖，提取方法中无传统方法的乙醇使用，微滤和超率均具有操作简便，可重复性高，节约环保的特点；且提取产率高，提取得到的灰树花多糖具有调节肠道菌群功能，在制备肠道菌群调节剂中有较好的用途。