本发明涉及一种可自动密封的采样胶囊内窥镜，它包括胶囊壳体、密封塞、针管、隔板加热器、加热环、弹簧、加热可熔断导管、胶囊控制器、胶囊传感器、胶囊支撑板和针管安装支架，胶囊壳体包括电控设备腔、采集装置腔和密封采样腔，电控设备腔与采集装置腔之间由胶囊支撑板隔开，采集装置腔与密封采样腔之间由密封塞隔开，胶囊壳体上设有采样孔，胶囊支撑板上设有与采样孔连通的导管，胶囊控制器和胶囊传感器设置在电控设备腔内，隔板加热器固定在采集装置腔内壁上。本发明能完成主动的消化道液体采样，同时在采样结束后，采样池内样品被有效隔离开，避免泄漏和污染。