本发明提供了一种燃料电池系统下电保护的控制方法及控制装置，其中，所述控制方法包括：检测汽车电源挡位信息；当汽车电源挡位切换至OFF挡时，向燃料电池控制器输出第一CAN指令，使所述燃料电池控制器根据所述第一CAN指令，向燃料电池反应堆输出停止工作指令；接收所述燃料电池反应堆发送的所述燃料电池反应堆泄放完成的第二CAN指令，根据所述第二CAN指令，向一低压供电开关发送断开信号，其中所述低压供电开关连接于所述燃料电池控制器与一蓄电池之间，使所述燃料电池控制器下电。本发明所提供的燃料电池系统下电保护的控制方法及控制装置延长了燃料电池反应堆的使用寿命，且不会影响用户体验。