本发明公开了一种井用柱塞控制系统的控制方法，涉及天然气设备技术领域，发明采用控制表头、到达传感器、气动薄膜阀、电磁阀、ACF两相流流量计等器件综合改进现有井用柱塞控制系统，能够实现对液体段塞的准确判断，结合ACF两相流流量计，可以将单井产气、产液量进行有效计量，气相计量精度最高可达1％，液相计量精度可达10％，有了气、液产量精确计量，可以更好的优化生产工艺与制度。