本发明涉及散热器热仿真技术领域，特别是涉及一种散热器热仿真参数初始值的获取方法及系统，该方法通过计算待仿真主板的第一热源向量序列和每个候选历史仿真主板的第二热源向量序列之间的配置相似度；根据配置相似度筛选多个相似历史仿真主板；获取待仿真主板中所有热源的坐标得到第一坐标序列，计算第一坐标序列和每个相似历史仿真主板的第二坐标序列中同类热源之间的热源分布相似度，根据热源分布相似度和配置相似度计算综合相似度，将综合相似度最大的历史仿真主板对应的散热器的仿真参数作为待仿真散热器对应仿真参数的初始值，使在根据初始值进行热仿真时更接近最终的最优参数，缩小了热仿真参数的调整幅度和调整范围，减少热仿真次数。