本发明公开了一种微针扣合视觉自校准系统及其校准方法,校准方法包括步骤:移动吸嘴至第一拍摄位置;控制第一相机对吸嘴进行拍照,并确定吸嘴相对于第一相机的特征点坐标;位移吸嘴和第二相机至第二拍摄位置;控制第一相机和第二相机拍摄校正片并拟合特征点,以获得校正片相对于第一相机和相对于第二相机的位置坐标;计算吸嘴特征坐标点至第二相机坐标原点的补偿;移动吸嘴和第二相机至微针扣合位置;控制第二相机采集微针座图像,并拟合特征位置,输出各个扣合点位坐标;补偿各扣合点位坐标,输出校准后的各扣合点位坐标。本发明提供一种微针扣合视觉自校准系统及其校准方法,提高了连接器扣合位置调试的精准度,提升了扣合良率,提升了调试效率。