一种果汁灭菌系统包括进料管、离心泵、灭菌机、换热器、出料管；所述离心泵前端连接进料管，后端连接换热器；所述灭菌机包括高温段、低温段和控制器，所述低温段与所述高温段连接，所述低温段与高温段分别连接所述换热器；所述控制器设置于灭菌机外壁上；所述出料管连接换热器，所述出料管上还设置有取样阀。通过换热器代替原来的预热器及冷却段，将两者合为一体，使得能量得到了充分利用，且热量损耗少，结构简单，易操作，成本低。