一种高温灭菌装置包括进料管、离心泵、灭菌机、换热器、出料管；所述离心泵前端连接进料管，后端连接换热器；所述灭菌机包括高温桶和控制器，所述高温桶内设置有微波发生器和微波加热腔，所述的微波发生器与微波加热腔连接，所述灭菌机内还设置有温度传感器；所述控制器设置于灭菌机外壁上；所述换热器连接所述微波加热腔，所述出料管连接换热器，所述出料管上还设置有取样阀。解决了现有高温灭菌装置存在的工艺复杂，成本高，加热不均匀，热量损耗大，且缺少取样检测环节等问题。