本发明公开了一种储能变流系统与变流器及四象限运行器的控制方法和控制器。四象限运行器的控制方法包括：将预先确定的馈网电流参考值与储能变流器交流侧的电感电流相减，得到偏差信号，并将偏差信号经过准比例谐振控制器调制得到电压基准信号；将储能变流器交流侧的馈网电流进行集员滤波处理，得到馈网电流中各次谐波电流的状态估计信号；将馈网电流中各次谐波电流的状态估计信号经过相对应的增益处理后作为减量与电压基准信号相减，得到电压参考信号；将电压参考信号经过PWM发生器调制，得到控制四象限运行器功率开关管的开通与关断的SPWM控制信号。本发明能够有效滤除储能变流器交流侧电流中25次以内的次高频谐波，改善输出电能的质量。