本发明涉及基因工程领域，提供了一种对基因测序仪的测序及信号处理进行控制的方法及系统。所述系统包括反应控制单元、定位控制单元、采图控制单元、信号处理单元，其中待测DNA片段样品设置在基因测序仪的反应小室中。所述方法包括以下步骤：A.控制基因测序仪将试剂导入反应小室，并调节反应小室的温度；B.控制反应小室在基因测序仪中的移动，并确定反应小室中待测DNA片段样品的采图位置；C.激发待测DNA片段样品中核苷酸携带的标记物发光，并在所述采图位置获取图像信号；D.对所述图像信号进行处理和分析，得到基因序列信息。本发明提高了测序过程的稳定性和效率，以及测序结果的准确性，并能直接输出基因序列信息。
