本发明提供了一种H9亚型禽流感病毒FJ株，其保藏编号为CCTCC NO:V202312，其HA基因核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，还提供了一种H9亚型禽流感病毒FJ株细胞悬浮培养工艺研究及其应用。本发明提供的H9亚型禽流感病毒FJ株，滴度高，传代稳定，免疫原性良好。利用该毒株制备的灭活疫苗，对新型H9亚型禽流感流行野毒株提供有效的交叉保护。本发明实现了H9亚型禽流感病毒FJ株的悬浮细胞培养，培养方法简单高效，成本低，适用于大规模工业化培养。